ขณะที่สถานการณ์ระดับน้ำภาคเหนือเริ่มมีแนวโน้มลดลง มวลน้ำมหาศาลที่ไหลลงสู่แม่น้ำโขงก็เริ่มเคลื่อนที่จากสปป.ลาว กลับเข้าสู่ภาคอีสานทางตอนเหนือของไทย ซึ่งจะทำให้จังหวัดริมแม่น้ำโขงเผชิญความเสี่ยงน้ำท่วมสูงเป็นลำดับต่อไป
จุดเฝ้าระวังพิเศษตามการคาดการณ์ของสถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำ ได้แก่ เลย หนองคาย นครพนม และบึงกาฬ โดยสถานการณ์ระดับน้ำล่าสุด ที่แม่น้ำเลย อ.เชียงคาน จ.เลย พบว่าระดับน้ำสูงกว่าตลิ่งราว 4.75 เมตรแล้ว ส่วนที่จังหวัดหนองคายบริเวณห้วยน้ำฮวย อ.สังคม พบว่าน้ำอยู่ในระดับล้นตลิ่งแล้ว แต่ถัดไปในบริเวณห้วยหลวง อ.โพนพิสัย ระดับน้ำยังต่ำกว่าตลิ่ง ราว 1.6 เมตร แต่มีแนวโน้มเพิ่มขึ้น (ข้อมูลจาก สถาบันสารสนเทศทรัพยากรน้ำ 13 ก.ย. 67)
ชวลิต จันทรรัตน์ กรรมการและผู้เชี่ยวชาญด้านน้ำ ทีมกรุ๊ป ให้สัมภาษณ์สปริงนิวส์ คาดการณ์ว่าสถานการณ์น้ำของพื้นที่ภาคอีสานจะมีความแตกต่างจากเชียงราย เนื่องจากเชียงรายได้รับอิทธิพลจากพายุยางิที่ทำให้เกิดฝนตกหนักในประเทศเมียนมา ทำให้น้ำท่วมสูงอย่างรวดเร็วโดยไม่ทันตั้งตัว
ขณะที่สถานการณ์น้ำของภาคอีสานซึ่งมีมวลน้ำจากจีนและสปป.ลาวเติมลงมา จะเพิ่มระดับขึ้นอย่างรวดเร็ว แต่หลังจากนั้นจะทรงตัวก่อนจะค่อยๆลดระดับลง โดยคาดว่ามวลน้ำจะเข้าท่วมที่อ.ศรีเชียงใหม่นานราว 6 วัน เริ่มตั้งแต่วันที่ 13 ก.ย. และเพิ่มระดับสูงสุดราว 1.50 ม. ภายในวันที่ 15 ก.ย. จากนั้นวันที่ 16-18 ก.ย. น้ำก็จะลดระดับลง
คุณชวลิตมองว่า สิ่งที่น่ากังวลคือปริมาณน้ำฝนหลังจากนี้ เพราะในช่วงวันที่ 13-19 ก.ย. ภาคอีสานจะเผชิญกับฝนที่ตกสลับกันในหลายพื้นที่ ทำให้ระดับน้ำในแม่น้ำโขงเพิ่มสูงขึ้น และมวลน้ำจะไหลลงสู่แม่น้ำโขงได้ช้าลง แต่มวลน้ำจากน้ำฝนบริเวณจังหวัดขอนแก่นยังสามารถไหลลงแม่น้ำชี เพื่อไหลไปบรรจบกับแม่น้ำโขงได้
หลังจากนั้นคาดว่ามวลน้ำจะไหลต่อไปตามแม่น้ำโขงจนผ่านจังหวัดอุบลราชธานี เข้าสู่สปป.ลาว และกัมพูชาในระยะต่อไป
ส่วนกรุงเทพมหานคร ไม่อยู่ในพื้นที่ที่จะได้รับผลกระทบจากมวลน้ำดังกล่าว แต่ต้องจับตาเฝ้าระวังร่องฝนที่พาดผ่านจังหวัดนครสวรรค์ที่จะค่อยๆเคลื่อนตัวลงมาเรื่อยๆ อาจมีมรสุมที่ทำให้ฝนตกหนักขึ้น รวมถึงปรากฏการณ์ลานินญาในเดือนตุลาคม จะซ้ำเติมให้ปริมาณฝนเพิ่มมากขึ้น รวมถึงระดับน้ำทะเลหนุนสูงที่จะส่งผลกระทบต่อกรุงเทพโดยตรง จึงแนะนำให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องเตรียมดูแลคันกั้นน้ำและเครื่องสูบน้ำเพื่อเตรียมความพร้อมด้วย